分支機構(gòu)主要有兩種形式：一種為分公司；一種為辦事處。分公司可以從事經(jīng)營活動，而辦事處一般只能從事總公司營業(yè)范圍內(nèi)的業(yè)務聯(lián)絡活動。分公司、辦事處稅收待遇不同，主要體現(xiàn)在企業(yè)所得稅和流轉(zhuǎn)稅上。
　　從企業(yè)所得稅看，辦事處由于不能從事經(jīng)營活動，沒有業(yè)務收入，不存在利潤，也就沒有應納稅所得額，無需繳納企業(yè)所得稅；對于分公司而言，企業(yè)所得稅可以在分公司所在地稅務機關繳納，也可以匯總后由總公司集中繳納。對于由總公司匯總繳納的，由總公司所在地國稅局開具企業(yè)所得稅已在總機構(gòu)匯總繳納的證明，分公司憑此證明到所在地國稅局辦理相關手續(xù)。一般來說，匯總納稅優(yōu)于獨立納稅，因為總公司和分公司的盈、虧可以相互彌補。
　　從增值稅上看，辦事處由于不從事經(jīng)營活動，所以在當?shù)責o需繳納增值稅；而分公司的經(jīng)營活動必須在當?shù)乩U納增值稅。
　　企業(yè)的分支機構(gòu)間經(jīng)常會發(fā)生貨物移送的行為，總機構(gòu)為了避免在分支機構(gòu)所在地繳納增值稅，可以按照《關于企業(yè)所屬機構(gòu)間移送貨物征收增值稅問題的通知》（國稅發(fā)［1998］13號）的規(guī)定，設立辦事處一類的機構(gòu)，不開發(fā)票，不收貨款，貨款由客戶直接匯至總部，發(fā)票直接由總部開具給客戶。該辦事處只是對貨物的移送負責監(jiān)督和保管。

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